تواترت في الفترة الاخيرة أنباء عن خلافات بين التنظيم المركزي وبعض فروعه. وهو ما دعمته مراجعات سيد إمام الشريف، المعروف بلقب الدكتور فضل، وادانته للقاعدة من داخل سجنه في مصر. وتؤكد المصادر المتابعة تراجع الفروع اللينة للقاعـدة بسبب غيابها الميداني وتوقف عملياتها. وهو ما يتسبب بخوف الفروع اللينة وشعورها بانعدام الجدوى. الا ان تنظيم القاعدة تلقى ضربة جديدة هذا الاسبوع باعلان "الجماعة الإسلامية الليبية المقاتلة" انفصالها عن تنظيم القاعدة بزعامة أسامة بن لادن بعد عامين فقط من انضمامها إليه. حيث اصدرت الجماعة بياناً تنتقد فيه قيادتها "التفجيرات التي لا تميز بين شخص وآخر"، و"استهداف المدنيين"، قائلة إن "العنف لم يحقق أهداف المجموعة بإزالة الظلم والقمع". ويقلل محللنا المختص بالحركات الاسلامية من أهمية هذا الانشقاق ومن أثره. اذ يعتبر انه كان متوقعاً منذ بداية الحوار بين هذه الجماعة والسلطات الليبية واطلاق الاخيرة لمعتقلي الجماعة على دفعات مع اشتراط عدم تنفيذ الجماعة لاية عملية على الاراضي الليبية.